Nello studio di caso l’intero processo di ricerca, dalla raccolta dei dati all’analisi degli stessi, è spesso guidato da ipotesi e in alcuni casi da una teoria più generale che le lega, espressa sotto forma di sistema di asserti. Accanto alle ipotesi che guidano lo studio vengono già definite in anticipo ipotesi alternative, le quali vengono prese in considerazione se l’evidenza empirica confuta le prime. Il quadro di ipotesi di partenza non è tuttavia rigido, ma può cambiare ed adattarsi all’evidenza empirica raccolta. Le ipotesi possono essere confermate o confutate e in base a questo possono essere cambiate o eliminate, e altre ne possono essere aggiunte, prendendole nel set di ipotesi alternative o ideandone di nuove sulla base di quanto emerso dall’indagine sul campo. Assunto basilare è che anche l’evidenza empirica raccolta su un solo caso può dare luogo a questo processo di revisione della teoria e delle ipotesi.