Il padre morì tre mesi prima della nascita del figlio, partecipando alla guerra civile come sostenitore del re Carlo I contro l’esercito parlamentare: forse anche per questo motivo (per lo shock provato dalla madre) Isaac figlio nacque prematuro e si temette in un primo tempo per la sua sopravvivenza.

La madre, già appartenente ad una agiata famiglia dello Yorkshire, si risposò poco dopo la nascita di Isaac, con il pastore protestante Barnabas Smith, rettore della vicina parrocchia di North Witham, anche per procurare al figlio una rendita. Infatti ella pose come condizione al matrimonio l’attribuzione ad Isaac di un terreno con una rendita annuale di circa 50 sterline e l’impegno, per il futuro marito, ad eseguire alcuni interventi di miglioria del maniero.

Isaac, affidato alla nonna materna ed alla tutela dello zio James Ayscough fin dall’età di tre anni, frequentò senza particolari meriti le scuole elementari in istituti vicini al castello e, a 12 anni, fu mandato alla scuola superiore di Grantham EN4, dove alloggiò presso il signor Clarke, speziale, fratello di un insegnante di matematica nella scuola frequentata da Newton.