L’ inquinamento delle acque può essere suddiviso in civile (deriva dagli scarichi delle città), industriale (da processi industriale) ed agricolo (legato a pratiche agricole che utilizzano in modo scorretto pesticidi ed erbicidi). Le fonti principali sono dunque gli scarichi urbani e industriali, i processi di percolazione, i terreni agricoli e le aziende zootecniche [E16] [F18].

I composti chimici idrosolubili rilasciati in ambiente penetrano nel suolo e raggiungono le falde acquifere determinandone l’inquinamento [S15] [S16].

Per quanto riguarda l' inquinamento marino è principalmente di origine terrestre legato agli scarichi sia civili che industriali, che attraverso i corsi d’acqua superficiali raggiungono il mare.

Un’altra fonte di inquinamento di origine marina è quella legata agli idrocarburi trasportati via mare da petroliere senza adeguate misure di sicurezza.

Lo sversamento di idrocarburi provoca danni ambientali enormi sia alle acque che alle coste (un ambiente particolarmente fragile) e a tutti gli organismi che a questi sono legati [S17] [F19] [S18].

I criteri che la normativa si pone per la protezione delle acque sono essenzialmente tesi ad evitare che vi siano danni alla salute umana piuttosto che a difendere l’ecosistema nel suo complesso. La qualità dell’acqua nel suo complesso può essere valutata tramite l’utilizzo di bioindicatori [E17]. Vi sono bioindicatori di acqua salata e di acqua dolce .