Molte persone credono fermamente che la FGM sia praticata principalmente in un contesto religioso-islamico. La pratica sembra essere più comune tra i gruppi musulmani in alcuni paesi: in Costa d'Avorio l'80% delle donne musulmane contro il 16% delle donne cristiane è stato sottoposto a circoncisione; in Burkina Faso un maggior numero di donne musulmane è stato sottoposto a FGM, secondo la credenza che Dio non ascolti le preghiere delle donne non circoncise. Nonostante questo, però, la FGM è stata documentata anche tra i cristiani (ad esempio i copti, i cattolici e i protestanti), gli animisti e gli ebrei (Falashas in Etiopia). Molte persone credono erroneamente che le FGM siano previste dall'Islam: è importante sottolineare che, anche quando le comunità sono consapevoli che non si tratta di una necessità religiosa, la pratica della mutilazione non viene abbandonata perché rappresenta un mezzo per controllare la sessualità delle donne. E' quindi necessario lavorare innanzitutto con le donne, prima di avvicinare i leader religiosi in modo che esse siano convinte della necessità di eliminare la FGM a causa delle sue conseguenze sulla salute.