L'età in cui viene praticata la mutilazione genitale femminile varia notevolmente, a seconda del gruppo etnico e della zona  geografica. In alcuni gruppi la FGM viene eseguita sui neonati; più comunemente viene praticata tra i 4 e i 10 anni di età, ma può anche essere eseguita nell'adolescenza o persino al momento del matrimonio o durante la prima gravidanza. Le operazioni, che durano circa 15-20 minuti, sono eseguite con strumenti riutilizzati senza essere sterilizzati. Un ulteriore danno non intenzionale viene spesso prodotto a causa degli strumenti rudimentali: la scarsa illuminazione, la scarsa capacità visiva dell'operatore e le condizioni settiche o per la resistenza opposta dalle bambine e dalle donne durante la procedura.