Il WTO è descritto a volte come una istituzione per il libero commercio, ma questa definizione non è precisa.
Il sistema, infatti, consente l'utilizzo di dazi e, in limitate circostanze, di altri strumenti protezionistici.
Più precisamente, il WTO deve promuovere un sistema di regole dedicate alla apertura al commercio e ad una competizione equa e non distorta.

Le uniche misure di impedimento al commercio che il WTO è disposto a tollerare sono quelle ritorsive a politiche scorrette da parte delle imprese o dei governi di altri paesi. Si parla in questo caso di "countervailing duties" [E] [E1] [F] [Es]. Un esempio è rappresentato dalle misure anti-dumping. Esso consiste in un dazio doganale imposto da un paese per scoraggiare o impedire la pratica del dumping da parte delle imprese estere concorrenti, ossia la vendita sottocosto del bene. Un venditore che pratica dumping, infatti,  vende un bene all'estero a prezzi inferiori rispetto a quelli praticati nel proprio mercato nazionale, per stimolare la domanda estera del bene.

Un altro tipo di misura ritorsiva consentita è qualla "anti-sussidio". I sussidi sono strumenti tariffari che consistono nella concessione di una somma di denaro che lo Stato, come per il dazio, sostiene l'impresa nazionale, versando una somma di denaro all'impresa nazionale esportatrice, per ogni unità venduta o calcolata in relazione al valore dei beni esportati. L'impresa sussidiata può, pertanto, esportare ad un prezzo più basso all'estero, poichè sostiene, grazie al sussidio, minori costi di produzione.
Il WTO consente l'adozione di misure anti-sussidio, attraverso l'imposizione di dazi sul bene sussidiato importato, in modo che all'interno il  prezzo finale del bene praticato al consumatore sia uguale.

La questione è delicata e le regole del sistema del WTO cercano di stabilire cosa è giusto e cosa no, e in particolare, definire come un paese può rispondere (ad esempio imponendo opportuni dazi sulle importazioni), per compensare i danni subiti da un commercio non equo.

In tema di dispute tra i paesi membri, come per tutte le Organizzazioni internazionali, anche l’OMC può solo autorizzare misure ritorsive verso un paese inadempiente;ciò a danno dei paesi più deboli che non hanno i mezzi per adottare  e disporre di misure ritorsive.
Per ovviare a questa carenza di corretta applicazione degli accordi è stato creato nel 2001 l' "Advisory Centre on WTO Law, " [E] [E1] [F] [Es], un Centro Consultivo sul Diritto dell’OMC, per dare supporto legale ai paesi in via di sviluppo, per la risoluzione delle controversie commerciali.